저도 그런 경우가 있었는데... 우선 파일관리 프로그램에서 정렬을 size별로 하셔서 똑같은 사이즈는 삭제해 주시면 됩니다.
근 데.. 용량이 많다고 하시니까... 이런 저런 프로그램도 있겠지만...
System Mechanic 이라는 프로그램에 Find Duplicate Files 라는 기능이 있는데,
폰트디렉토리의 경로를 지정하시고, 옵션에서 same size를 체크하시고, 한번 검색하시면 같은 사이즈를 한꺼번에 처리할수 있습니다.

출처 : http://miniwini.com/miniwinis/bbs/index.php?bid=qna&m=clip&mode=read&id=26569&p=1